種子加工的工序雖然有很多，但是目前我國使用的主要加工工序有以下幾種。 

1. 預清選（初清） 預清選主要是在脫粒后的種子中去掉雜質，并將不合乎要求的籽粒清除，預清選只是為進一步清選加工種子打下一個基礎，因此對經(jīng)過預清選后的種子質量要求不高。 

2. 干燥 目的是把種子含水量降至安全儲藏所需要的水分以下以便保管。干燥的方法可以有很多種，采用人工自然晾曬降水是簡單的辦法，還可以采用通自然風或加熱的空氣強制干燥的方法，使用加熱空氣干燥的方法叫烘干。 

3. 脫粒 是玉米種子加工必不可少的加工工序，脫粒時如果不注意。可使種子受到嚴重損傷。 

4. 基本清選 基本清選是種子加工中必不可少的工序，基本清選的目的是從種子中提出比合乎要求作物種子的寬度或厚度過大或過小或重量更輕的摻雜物。 

5. 長度清選 在基本清選后，有些種子中含有比要求的種子長或短的籽粒需要清除，例如春小麥中的燕麥；小麥中的破碎粒，草籽。水稻中的大米粒等，就應當用窩眼筒清選機進行長度清選。 

6. 重力（比重）清選 經(jīng)過基本清選后的種子，雖然大小一致，但是由于飽滿度不同、發(fā)霉、病害、蟲蛀等原因，種子的密度還有差異；需要進行重力清選。 

7. 分級 玉米種子在清選加工結束后，有時由于精密播種的需要，還要按大小進行分級。 

8. 種子包衣 種子包衣是把清選后的種子包上一層帶有成膜劑的種衣劑，已達到防病，殺蟲、促長、增產(chǎn)的目的。